医保卡余额负数原因：
1、系统问题，可以稍晚几天再查一下。
2、单位缴费和您消费的延迟性。
3、医保账户余额负数通常情况下是发生在离职人员的医保账户上，且当地的医保个人账户划入资金为预划资金的情况下。
如果当地医保个人账户是按年度预划记入个账资金的，单位在为职工缴纳医保保费后，职工医保个人账户将预划记入参保当月至本年6月底的个账资金。职工离职减员时会计算个人账户实划资金：职工在医保年度内离职，医保系统在办理职工减员时会计算出个人账户实际划入资金（实际划入资金=预划资金-减员后至6月底的预划资金）。职工离职前医保个人账户实际刷卡使用资金如果超过实际划入资金，在医保系统办理减员后医保个人账户就会产生负数了。
中国的基本医疗保险制度实行社会统筹与个人账户相结合的模式。基本医疗保险基金原则上实行地市级统筹。基本医疗保险覆盖城镇所有用人单位及其职工；所有企业、国家行政机关、事业单位和其他单位及其职工必须履行缴纳基本医疗保险费的义务。
中国的基本医疗保险制度实行社会统筹与个人账户相结合的模式。基本医疗保险基金原则上实行地市级统筹。基本医疗保险覆盖城镇所有用人单位及其职工；所有企业、国家行政机关、事业单位和其他单位及其职工必须履行缴纳基本医疗保险费的义务。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》 第二十三条职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
