刑事案件申请国家赔偿有效期是两年。刑事案件中，申请国家赔偿的时效一般为两年。赔偿请求人在赔偿请求时效的最后六个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，时效中止。从中止时效的原因消除之日起，赔偿请求时效期间继续计算。
国家不承担赔偿责任的情形：
1、因公民自己故意作虚伪供述，或者伪造其他有罪证据被羁押或者被判处刑罚的；
2、依照相关规定不负刑事责任的人被羁押的；
3、依照相关规定不追究刑事责任的人被羁押的；
4、检察机关的工作人员与行使职权无关的个人行为；
5、因公民自伤、自残等故意行为致使损害发生的；
6、法律规定的其他情形。
【法律依据】：
《中华人民共和国国家赔偿法》第三十九条
赔偿请求人请求国家赔偿的时效为两年，自其知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其人身权、财产权之日起计算，但被羁押等人身自由期间不计算在内。在申请行政复议或者提起行政诉讼时一并提出赔偿请求的，适用行政复议法、行政诉讼法有关时效的规定。
赔偿请求人在赔偿请求时效的最后六个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，时效中止。从中止时效的原因消除之日起，赔偿请求时效期间继续计算。
